Enkele van de onderzoekers die onderstaande studie uitvoerden, rapporteerden eerder over een verminderde diversiteit en gewijzigde samenstelling van het darm-microbioom (geheel van microben/bakterieën) bij M.E.(cvs) – zie Giloteaux L et al. Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Microbiome (2016) 4: 30. Daar kondigden ze aan dat ze ook willen kijken naar virussen en schimmels in de darm, om te bekijken of één of een combinatie van meerdere, samen met bakterieën, de ziekte kunnen veroorzaken of er toe bijdragen. Hier melden ze nu dat ze een kleine vermindering vonden van de diversiteit van eukaryoten (cellen met een echte kern die het DNA bevat en door een membraan omlijnd is – prokaryoten = bakterieën) – schimmels en andere ééncelligen – maar dat ze geen specifieke konden identificeren die geassocieerd zijn met M.E.(cvs)…

————————-

PeerJ (2018) 6: e4282

Eukaryotes in the gut microbiota in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome

Mandarano AH¹, Giloteaux L¹, Keller BA², Levine SM¹, Hanson MR¹

1 Department of Molecular Biology & Genetics, Cornell University, Ithaca, NY, United States of America

2 Department of Exercise & Sport Sciences, Ithaca College, Ithaca, NY, United States of America

Samenvatting

Patiënten met Myalgische Encefalomyelitis/ Chronische Vermoeidheid Syndroom (M.E./CVS) lijden dikwijls onder gastro-intestinale symptomen velen krijgen de diagnose prikkelbare darm syndroom (IBS). Eerdere studies, ook door ons laboratorium uitgevoerd, hebben aangetoond dat de bakteriële samenstelling in de darm bij M.E./CVS veranderd is en minder divers in vergelijking met gezonde individuen. Patiënten vertonen verhoogde biomerkers voor inflammatie en lekke-darm syndroom. Om de dysbiose [dysbakteriose; microbieel onevenwicht] verder te onderzoeken in het M.E./CVS darm-microbioom, onderzochten we de eukaryoten aanwezig in de darm van 49 individuen met M.E./CVS en 39 gezonde controles karakteriseren. D.m.v. 18S rRNA sequentie-bepaling, hebben we eukaryoten geïdentificeerd in stoelgang-stalen van 17 gezonde individuen en 17 M.E./CVS-patiënten. Onze analyse toont een kleine, niet-significante daling aan qua eukaryote diversiteit bij M.E./CVS-patiënten t.o.v. gezonde individuen. Daarnaast vertonen M.E./CVS-patiënten een niet-significante toename van de verhouding van de schimmel-stammen Basidiomycota/Ascomycota, wat consistent is met aanhoudende inflammatie in M.E./CVS. We konden geen specifieke eukaryote taxa [taxonomische groepen; organismen die samen een éénheid vormen] identificeren die geassocieerd zijn met M.E./CVS.

INLEIDING

[…]

In een onderzoek omtrent het darm-microbioom bij het M.E./CVS, gebuikte ons laboratorium 16S ribosomaal RNA sequentie-bepaling om een afname van de algemene diversiteit van darm-prokaryoten aan te tonen bij patiënten met M.E./CVS t.o.v. gezonde controles [zie onze inleiding: Giloteaux et al. (2016)]. De patiënten vertoonden verminderde aanwezigheid van meerdere anti-inflammatoire soorten en verhoogd voorkomen van meerdere pro-inflammatoire soorten bakterieën. Specifiek: soorten behorend tot de [bakterie-stam] Firmicutes bleken gereduceerd en de Proteobacteria waren toegenomen bij M.E./CVS-patiënten. Bepalingen van bloed-merkers voor inflammatie onthulden significant gestegen lipopolysaccharide (LPS), LPS-bindend proteïne (LBP) en oplosbaar CD14 (sCD14). Eerdere studies van de M.E./CVS darm-microbiota die zowel culturen en ‘high-throughput’ sequentie-bepaling methodes gebruikten, hebben verschillen getoond qua bakteriële samenstelling tussen patiënten en gezonde controles [o.a. Armstrong CW, McGregor NR, Butt HL et al. The association of fecal microbiota and fecal, blood serum and urine metabolites in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Metabolomics (2017) 13: 8 /// Navaneetharaja et al. A role for the intestinal microbiota and virome in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS)? Journal of Clinical Medicine (2016) 5: 55 /// Shukla et al. Changes in gut and plasma microbiome following exercise challenge in myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS) PLoS ONE (2015) 10: e0145543]. Bewijs voor verhoogde darm-doorlaatbaarheid correlerend met inflammatoire merkers en gastro-intestinaal ongemak werd ook al aangetoond bij M.E./CVS-patiënten via IgA- en IgM-responsen op LPS [Maes M et al.]. Werk door top M.E./CVS klinici [Nagy-Szakal D et al. Fecal metagenomic profiles in subgroups of patients with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Microbiome (2017) 5: 44] identificeerde verder verschillen qua bakteriële samenstelling in de darm bij patiënten met M.E./CVS met en zonder IBS vergeleken met gezonde controles. Meerdere studies hebben bakterie-therapie of behandeling met orale probiotica gedocumenteerd als verlichtend voor M.E./CVS-symptomen of hebben symptomen gelinkt met bakteriële samenstelling [o.a. Borody TJ et al. The GI microbiome and its role in Chronic Fatigue Syndrome: a summary of bacteriotherapy. Journal of the Australasian College of Nutritional and Environmental Medicine (2012) 31: 3-8 /// Rao et al. A randomized, double-blind, placebo-controlled pilot study of a probiotic in emotional symptoms of Chronic Fatigue Syndrome. Gut Pathogens (2009) 1: 6 (zie ‘Effekt van supplementering met melkzuur-producerende bakterieën bij CVS’) /// Wallis A, Butt H et al. Support for the microgenderome: associations in a human clinical population. Scientific Reports (2016) 6: 19171].

Aangezien de significante rol van het darm-microbioom voor de gezondheid duidelijker is geworden, heeft de meeste research zich gefocust op prokaryote darm-‘bewoners’. De darm-microbiota bestaan echter ook uit populaties van eukaryoten en virussen. Eukaryoten in de darm omvatten protozoa [ééncellige micro-organismen met o.a. amoeben, zweepdiertjes, enz.] en schimmels, die commensaal [onschadelijk voor het gastheer-organisme] of pathogeen kunnen zijn. Blastocystis bv., historisch gelinkt met meerdere ziekten, staat bekend aanwezig te zijn bij mensen. Eukaryoten interageren met de prokaryoten aanwezig in de darm en de prokaryote samenstelling kan de pathogeniteit van eukaryoten beïnvloeden. In sommige gevallen zijn darm-eukaryoten enkel pathogeen wanneer het immuunsysteem aangetast is. Eukaryoten in de darmen vertonen beperkte gelijkenissen bij gezonde individuen.

Wijzigingen qua darm-eukaryoten werden gelinkt met auto-immuun ziekten, obesitas, allergieën, inflammatoire darm-ziekten (IBD) en diabetes. Bij IBD is er bewijs voor verhoogde antilichamen tegen Saccharomyces cerevisiae [in de volksmond bier- of bakkers-gist] en eukaryote dysbiose, wat werd gelinkt met inflammatie. Pathogeniteit van het protozoön Entamoeba hystolytica wordt beïnvloed door inflammatie, en protozoa-infekties kunnen ook de afgifte induceren van IgE en inflammatoire cytokinen.

M.E./CVS bleek gelinkt met een mogelijk eukaryoot pathogeen. In het bijzonder: giardiase [darm-infektie veroorzaakt door de parasiet Giardia lamblia] bleek geïmpliceerd met uitbraken van M.E./CVS in Nieuw-Zeeland in 1984 en Californië in 1985. Na een uitbraak van giardiase in Noorwegen in 2004, ontwikkelden minstens 5% van de geïnfekteerden met M.E./CVS [Naess et al. Chronic Fatigue Syndrome after Giardia enteritis: clinical characteristics, disability and long-term sickness absence. BMC Gastroenterology (2012) 12: 13]. Er werd een link tussen M.E./CVS en een protozoale infektie zoals Blastocystis of Dientamoeba gesuggereerd. Een onderzoek naar Candida albicans in stoelgang-stalen vond verhoogde aanwezigheid bij M.E./CVS-patiënten tijdens de acute fase van de ziekte versus remissie [Evengard et al. Increased number of Candida albicans in the faecal microflora of Chronic Fatigue Syndrome patients during the acute phase of illness. Scandinavian Journal of Gastroenterology (2007) 42: 1514-1515]. Een studie op basis van cultuur-methoden onderzocht de totale gist aanwezigheid in stoelgang-stalen bij M.E./CVS en vond een niet-significante afname in vergelijking met gezonde individuen [Armstrong CW, McGregor NR, Butt HL et al. The association of fecal microbiota and fecal, blood serum and urine metabolites in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Metabolomics (2017) 13: 8]

Studies van eukaryoten in de darm bleven beperkt, gedeeltelijk door de beschikbare methodes en databases. Eukaryoten kunnen worden geïdentificeerd via de variabele gebieden van hun 18S-rRNA gen [18S ribosomaal RNA] net zoals prokaryoten kunnen worden geïdentificeerd door 16S sequentie-bepaling [16S ribosomaal RNA; onderdeel van ribosomen (plaatsen waar de proteïne-synthese geschiedt); de genen die er voor coderen worden gebruikt om evolutie en verwantschap van organismen te bestuderen, omwille van de trage (genetische) evolutie in dit gebied]. Op basis van eerdere bevindingen van dysbiose en inflammatie bij M.E./CVS, poneerden we hypothese dat de eukaryote gemeenschap in de darm gewijzigd zou kunnen zijn bij M.E./CVS, en bijkomende aanwijzingen zou kunnen bieden en potentiële diagnostische merkers voor deze ziekte. Om de samenstelling van darm-eukaryoten te karakteriseren en een mogelijke link tussen darm-eukaryoten en M.E./CVS te onderzoeken, wilden we de eukaryoten identificeren aanwezig in de darm van M.E./CVS-patiënten en gezonde individuen. Om dit te bewerkstelligen, gingen we over tot amplificatie en sequentie-bepaling van het V9-gebied [één van de hyper-variable gebieden] van het 18S-rRNA gen bij patiënten en gezonde controles, en analyseerden we de resultaten wat betreft verschillen qua taxa en diversiteit.

MATERIALEN & METHODES

Individuen en verzameling van stalen

[…] Fukuda criteria […]. Stoelgang-stalen werden thuis verzameld en gekoeld bewaard […].

DNA-extractie & 18S amplificatie

[…]

Sequentie-analyse

[…]

Analyse van de veelheid aan taxa

[…]

Diversiteit-vergelijkingen

[…]

RESULTATEN

Populatie

DNA-extractie uit stoelgang van 49 M.E./CVS-patiënten en 39 gezonde individuen. Na amplificatie van het 18S rRNA gen, sequentie-bepaling en verwerking, gingen we over tot identificatie van eukaryote sequenties bij 17 patiënten met M.E./CVS en 17 gezonde individuen voor verdere analyse. Bij de gezonden waren 16 vrouwen en 1 man, terwijl er bij de M.E./CVS-populatie 13 vrouwen en 4 mannen waren. De gemiddelde leeftijd was gelijkaardig […]. De BMI was bijna identiek […]. 11 van de 17 M.E./CVS-patiënten meldde gastro-intestinale symptomen (6 op 17 bij de gezonde individuen). ‘Bell Disability Scale’ [ook ‘CFIDS disability scale’ genaamd; een symptoom-schaal gecreëerd door dokter David Bell] scores van 15 patiënten lagen tussen 10 & 50 (op 100).

Resultaten van de sequentie-bepaling en keuze van de ‘Operational Taxonomic Units’ (OTUs)

[‘OTU’ refereert naar clusters van organismen gegroepeerd op basis van DNA-sequentie gelijkenis van een specifiek merker-gen]

[…]

Geïdentificeerde taxa

Gemiddeld waren de schimmels de meest voorkomende taxa in onze populatie (32,1%). Binnen de schimmels kwam het fylum [bakteriële stam] Ascomycota het meest voor (17,3%), gevolgd door Basidiomycota (13,3%) & Zygomycota (0,9%). Gemiddeld 0,7% waren schimmels van een ander fylum of bleken niet klassificeerbaar (gegroepeerd als ‘andere schimmels’). Een klein aan OTUs werd geklassificeerd als Stramenopiles (6,6%) en 1 M.E./CVS-patient droeg 0,8% Excavata. Gemiddeld 61,4% van de OTUs per individu bleef ongeklassificeerd op elk niveau (‘onbekend’). […]

[verdere onderverdeling beschikbaar]

Specifieke darm-eukaryoten taxa bij M.E./CVS-patiënten zijn niet significant verschillend van gezonde controles

We gebruikten de volledige data-set voor vergelijking van het voorkomen van de taxa. Een taxum werd echter pas beschouwd als aanwezig in een individueel staal als het werd vertegenwoordigd door min. 5 OTUs […]. De samenstelling van de eukaryote micro-organismen was relatief uniek per individu. Desondanks droegen (onder de geïdentificeerde OTUs) de meeste individuen een meerderheid van schimmel-soorten. Verschillen qua hoeveelheden specifieke eukaryoten tussen M.E./CVS-individuen en gezonde individuen bleken niet statistisch significant op elk taxonomisch niveau.

Globaal gezien hadden de gezonde controles ietsje minder schimmels t.o.v. de M.E./CVS-patiënten (30,6% vs. 33,6%). Op fylum-niveau waren er minder Ascomycota bij de M.E./CVS-patiënten (22,6% vs 11,9%). Dit werd weerspiegeld in een corresponderende toename van het schimmel-fylum Basidiomycota bij de M.E./CVS-patiënten (7,8% vs. 18,7%). Er was daarom een niet-significante toename van de verhouding Basidiomycota op Ascomycota bij de patiënten (0,3 vs. 1,6). Het schimmel-fylum Zygomycota was ook verhoogd bij M.E./CVS (0% vs. 1.8%) maar dit werd voornamelijk bepaald door slechts 2 patiënten. Op dezelfde manier was een toename qua Stramenopiles van 0,2% (controles) naar 12,9% (M.E./CVS) voornamelijk te wijten aan meer Blastocystis bij 2 patiënten. Eén M.E./CVS-patient had een klein deel (0,8%) Excavata (geklassificeerd bij de orde Neobodonida).

Binnen de Ascomycota lag het overwegend verschil op orde-niveau: de relatieve hoeveelheid Saccharomycetales was gedaald bij de M.E./CVS-patiënten (22,5% vs. 11%). Binnen de Basidiomycota droeg een aantal stijgingen qua relatieve hoeveelheid toe tot de globale hogere hoeveelheid. De hoeveelheid van de klasse Agaricomycetes was gestegen bij de M.E./CVS-patiënten (6,9% vs. 15,3%). Dit omvatte toenames van de ordes Agaricales (0,5% vs. 6%), Boletales (0% vs. 6%) & Polyporales (0% to 0,14%). De Basidiomycota klasse Tremellomycetes was ook verhoogd bij M.E./CVS-patiënten, globaal genomen (0,3% vs. 2,6%). Dit was te wijten aan de onbekende Tremellomycetes (0,0% vs. 2,5%) & Cystofilobasidiales (0% to 0,08%). Interessant is dat een klein deel van de OTUs geïdentificeerd werden als Tremellales bij gezonde individuen (0,3%) maar er werden er geen geïdentificeerd bij de M.E./CVS-patiënten. M.E./CVS-patiënten hadden ook meer Malasseziales (0,2% vs. 0,9%) maar deze orde werd enkel vastgesteld bij 1 gezond individu en 1 M.E./CVS-patient. De Basidiomycota ordes Sporidiobolales & Ustilaginales waren enkel aanwezig bij gezonde controles en dit in zeer geringe hoeveelheden (0,1% & 0,2% respectievelijk). In beide gevallen werden deze lage hoeveelheden bepaald door één enkel individu. De toename qua Zygomycota bij M.E./CVS-patiënten was te wijten aan lichte stijgingen Entomophthorales (0% vs 0,1%) & Mucorales (0% vs. 1,7%), te wijten aan telkens één enkele patient.

Naast een toename qua Blastocystis hadden M.E./CVS-patiënten een hogere gemiddelde hoeveelheid van de Stramenopile ordes Pleurosigma (0,1% vs. 0,2%), Eustigmatales (0% vs. 1,2%) & Peronosporales (0,1% vs. 1,7%). Ten slotte hadden M.E./CVS-patiënten lagere gemiddeldes van onbekende OTUs. […]

Darm eukaryote diversiteit bij M.E.//CVS verschilt niet van gezonde controles

Om de diversiteit bij M.E./CVS-patiënten te evalueren in vergelijking met gezonde individuen, maakten we gebruik van berekeningen van de alfa- & beta-diversiteit [aantal taxa binnen één enkel microbieel ecosysteem: hoeveel verschillende soorten worden er in een staal gedetekteerd? (alfa) – diversiteit in een gemeenschap van micro-organismen over verschillende omgevingen; verschil in taxonomische veelheid tussen verschillende stalen: hoe verschillend is de samenstelling van één staal tot een ander? (beta)]. Dit liet ons toe 11 M.E./CVS-patiënten en 10 gezonde controles voor de analyse op te nemen. De karakteristieken van deze subpopulaties waren gelijkaardig aan die van de ganse populatie. De 10 gezonde individuen hadden een gemiddelde leeftijd van 43,6 ± 13,6 en een gemiddelde BMI van 27,7 ± 5,2; terwijl de 11 M.E./CVS-patiënten een gemiddelde leeftijd van 54 ± 11,6 en een gemiddelde BMI van 26,2 ± 4,9 hadden. Er waren 9 vrouwen en 1 man bij de gezonde controle groep, en 7 vrouwen en 4 mannen and in de patiënten-groep. Slecht 3 gezonde individuen rapporteerden gastro-intestinale symptomen, t.o.v. 8 M.E./CVS-patiënten.

[…] Hoewel er een kleine afname qua fylogenetische diversiteit (controles 6,7 ± 2,1 vs. M.E./CVS-patiënten 6,0 ± 2,4), was , bleek deze niet statistisch significant (p = 0.58). We berekenden ook op meerdere andere manieren de diversiteit, en het aantal geobserveerde soorten [controles 18,1 + 6,9 vs. M.E./CVS-patiënten 14,1 + 7,8 (p = 0.25)]. Opnieuw bleken deze waarden niet statistisch significant verschillend voor alfa-diversiteit, ondanks de consistent lagere gemiddelde waarden bij M.E./CVS-patiënten t.o.v. gezonde controles.

We evalueerden ook de beta-diversiteit in onze populatie. […]. Geen enkele berekening onthulde clustering van individuen op basis van ziekte, of op basis van de bijkomende variabelen (gegevens niet getoond).

BESPREKING

Vergeleken met studies over prokaryoten in het menselijk darm-microbioom, zijn de studies aangaande eukaryoten in de darm beperkt. Veel van de rapporten over darm-eukaryoten gebruiken andere methodes dan ‘high throughput’ sequentie-bepaling. Ons doel was de karakterisatie van eukaryoten in de darm van M.E./CVS-patiënten die eerder waren getest qua bakteriële samenstelling, en de eukaryote diversiteit en samenstelling vergelijken met gezonde individuen. Veel van de in onze populatie geobserveerde taxa werden in eerdere studies geïdentificeerd in de darm en in sommige gevallen waren ze geassocieerd met ziekte.

Schimmels behorend tot de Ascomycota, Basidiomycota & Zygomycota fyla werden eerder in de darm geobserveerd. Saccharomycetales zijn courant geïdentificeerde Ascomycota in de menselijke darm en werden ook in onze populatie gezien. Malessiziales, leden van de Basidiomycota, waren aanwezig bij 1 gezonde controle en 1 M.E./CVS-patient, en werden eerdere gevonden in faeces-stalen en geassocieerd met IBD. Mucorales, leden van de Zygomycota, worden courant geïdentificeerd en kunnen infekties bij mensen veroorzaken, bijzonderlijk wanneer het immuunsysteem gecompromitteerd is. We identificeerden Mucorales bij 1 M.E./CVS-patient, maar waren niet in staat deze OTU verder te klassificeren. Een andere Zygomycota orde, Entomophthorales, was aanwezig in lage hoeveelheden bij 1 M.E./CVS-patient, die melding maakte van gastro-intestinale symptomen. Soorten van de Entomophthorales zijn ook in staat infekties bij mensen te veroorzaken.

Er wordt gedacht dat Blastocystis de voornaamste, zo niet de enige, Stramenopile aanwezig zijn in de menselijke darm. We zagen Blastocystis bij 3 M.E./CVS-patiënten, en deze omvatten de meerderheid van de OTUs in 2 van deze patiënten. Deze relatief lage incidentie van Blastocystis is verrassend in vergelijking met andere studies van menselijke darm-eukaryoten. Interessant is dat alle 3 de M.E./CVS-patiënten met detekteerbare Blastocystis gastro-intestinale symptome meldden.

De uitdagingen geassocieerd met de karakterisatie van eukaryoten in het menselijk darm-microbioom omvatten hun geringe aanwezigheid en diversiteit, alsook de invloed van gastheer- en dieet-DNA. DNA behorend tot eukaryote micro-organismen is slechts een beperkte component van dat het totaal geïsoleerd uit faeces-stalen, wat het aantal eukaryote ‘reads’ [een ‘read’ is het resultaat van een sequentie-bepaling (volgorde van de base-paren of nucletioden)] van hoge kwaliteit beperkt. Hoewel de door ons geconsulteerde database het mogelijk maakt eukaryoten te identificeren gebaseerd op de 18S rRNA hyper-variable gebieden, suggereert het gebrek aan identificatie van de ‘reads’ in onze studie dat 18S databases nog onvolledig zijn. Diepgaande klassificatie kan onmogelijk blijken, bij het gebruik van het 18S rRNA gen – bijzonderlijk voor schimmels. Om die reden kan sequentie-bepaling van de interne ‘spacers’, die worden gevonden tussen eukaryote rRNA genen in, voordelig zijn ter verbetering van de identificatie van schimmels tot op het niveau van de soort. Eukaryote identificatie is ook een uitdaging omwille van de veranderende en complexe taxonomische klassificatie-systemen.

Eerdere studies van menselijke darm eukaryoten stootten op gelijkaardige moeilijkheden. Onderzoekers rapporteerden lage sequentie-veelheid, maar toonden ook dat een ‘sequence-depth’ [het aantal ‘reads’ dat een bepaald nucleotide bevat] van 150 sequenties van het 18S rRNA gen toereikend was om maximale diversiteit in menselijke faeces-stalen te bereiken. Verder toonden ze een brede waaier aan unieke eukaryote gemeenschappen van het ene individu naar het andere. Dit droeg waarschijnlijk bij tot de verschillen in rapporten van menselijke darm-eukaryoten en maakt vergelijkingen van de veelheid aan taxa tussen groepen individuen een uitdaging.

Het fylum Basidiomycota wordt beïnvloed door dieet, aangezien het eetbare paddenstoelen omvat binnen de orde Agaricales, die courant werden geïdentificeerd bij onze individuen. Ook de hoeveelheden Saccharomycetales kunnen beïnvloed worden door het dieet. Hoewel onze gegevens een hoog niveau Saccharomycetales tonen, zoals eerder al werd getoond, zagen we geen grote hoeveelheden Candida soorten binnen deze orde (gegevens niet getoond). Dit kan te wijten zijn aan een onvermogen om vele van de Saccharomycetales verder dan op orde-niveau te klassificeren, alsook aan de moeilijkheid om Saccharomyces en Candida van elkaar te onderscheiden. We zagen weinig Blastocystis in onze gegevens-set, wat een courant commensaal organisme in de menselijke darm is, en we identificeerden geen Dientamoeba of Nematodes die anderen hebben gevonden. Deze limieten kunnen te wijten zijn aan de gebruikte primers of de DNA-extractie methode, die misschien niet in staat was bepaalde cellen of sporen te lyseren.

Interessant: we observeerden een verschuiving qua relatieve hoeveelheden Ascomycota en Basidiomycota maar deze veranderingen waren niet statistisch significant. Ascomycota en Basidiomycota bleken eerder al omgekeerd met elkaar gecorreleerd. Dit is consistent met onze resultaten, in de zin dat M.E./CVS-patiënten afgenomen Ascomycota en toegenomen Basidiomycota vertonen. Verder toonden onderzoekers aan dat de verhouding Basidiomycota op Ascomycota statistisch significant toegenomen was in patiënten met IBD tijdens opstoten, maar terugkeerde naar waarden die worden gezien bij gezonde controles wanneer patiënten in remissie gingen; wat een link suggereert tussen deze verhouding en inflammatie. Een bijkomende studie met patiënten met de ziekte van Crohn onthulde ook toegenomen Basidiomycota en afgenomen Ascomycota in vergelijking met gezonde individuen. Zodoende is stijging van deze verhouding bij M.E./CVS versus gezonde individuen consistent met een inflammatoire toestand bij de patiënten. We kunnen echter de invloed van een verschillend dieet op deze verhoudingen niet uitsluiten.

Aangezien we eerder een daling qua prokaryote diversiteit en bakteriële dysbiose bij M.E./CVS-patiënten hebben getoond, zouden we significante wijzigingen qua diversiteit en eukaryote hoeveelheden bij de patiënten [zie Giloteaux et al. hierboven] kunnen hebben verwacht. Hoewel niet significant, toonden we een kleine afname qua eukaryote diversiteit bij M.E./CVS-patiënten vergeleken met gezonde controles aan. Eukaryoten in het darm-microbioom bleken te correleren met prokaryoten. Correlaties tussen bakteriële en eukaryote diversiteit in de darm zijn inconsistent, net zoals rapporten over veranderingen qua eukaryote diversiteit bij inflammatoire ziekte. Toegenomen diversiteit van eukaryoten bleek geassocieerd bij Crohn’s in 2 afzonderlijke studies. Omgekeerd: er werd gedaalde schimmel-diversiteit aangetoond bij patiënten met ulceratieve colitis [pathologische intestinale aandoening] vergeleken met gezonde individuen of patiënten in remissie. Ook werd getoond dat pediatrische patiënten met IBD verminderde schimmel-diversiteit vertonen.

BESLUITEN

Onze resultaten tonen aan dat de M.E./CVS darm-eukaryote samenstelling consistent is met een inflammatoire toestand. Onder de eukaryoten die we identificeerden, was er niet één specifieke darm-eukaryoot geassocieerd met M.E./CVS. M.E./CVS-patiënten vertoonden echter een gestegen verhouding van gemiddelde hoeveelheden Basidiomycota op Ascomycota, wat eerder werd gelinkt met inflammatie bij IBD. Bijkomend: M.E./CVS-patiënten hadden een niet-significante daling qua darm-eukaryote diversiteit. Onze studie toont de uitdaging betreffende het vergelijken van eukaryote microbiota tussen een patiënten- en controle-groep omwille van moeilijkheden omtrent extractie van of nucleïnezuur en identificatie van sequenties, de invloed van externe factoren zoals dieet, alsook de grote individuele variatie tussen eukaryote taxonomische eenheden aan, zelfs binnen een groep. Ondanks deze uitdagingen, hebben bevindingen de rol van eukaryoten in het darm-ecosysteem, ook bij ziekte, benadrukt. Gezien het eerder bewijsmateriaal dat een link suggereert tussen M.E./CVS en pathogene eukaryoten, is karakterisatie van darm-eukaryoten bij of M.E./CVS-patiënten en gezonde controles waardevol, zelfs al had de populatie een beperkte grootte. Onze gegevens zijn consistent met de inflammatoire toestand in de darm die in eerdere studies over het M.E./CVS bakterieel microbioom werd gedocumenteerd. Een belangrijke kwestie bij toekomstige research is bepalen wat inflammatie bij M.E./CVS veroorzaakt.